1961年9月，为加强同亚非国家的友好交往，根据周恩来总理的指示，北京外国语大学成立亚非语系，先后开设斯瓦希里语和豪萨语专业，开展非洲本土语言的教学研究和人才培养工作。2007年4月，亚非语系更名为亚非学院，同年获批教育部和北京市高等学校特色专业建设点。
2019年9月，学校决定扩建亚非学院，成立了非洲学院，推进非洲非通用语种建设和区域与国别研究工作。亚洲学院、非洲学院党总支同时成立，统一管理亚非两院的党、团组织、工会和学生工作。党总支目前有党总支委员6人，设四个党支部，分别是第一教师党支部、第二教师党支部、本科生党支部和研究生党支部，共有党员160人。多年来，党总支始终以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，深入学习宣传贯彻落实党的二十大精神、全国教育大会精神和习近平总书记给北外老教授的重要回信精神，全面加强党对教育工作的领导，坚持立德树人根本任务，发挥党总支政治领导核心作用和党支部战斗堡垒作用。2022年3月，第二教师党支部获教育部第三批“全国党建工作样板支部”培育创建项目并已顺利结项。2024年8月，本科生党支部获北京市高校党建工作样板支部培育项目。
非洲学院现获批开设斯瓦希里语、豪萨语、祖鲁语、阿姆哈拉语、马达加斯加语、索马里语、约鲁巴语、阿非利卡语、茨瓦纳语、恩德贝莱语、科摩罗语、克里奥尔语、绍纳语、提格雷尼亚语、隆迪语、卢旺达语、切瓦语、塞苏陀语、桑戈语、塔玛齐格特语共20个非洲语种本科专业，是国内教授非洲语种最多的院系。其中斯瓦希里语、豪萨语专业入选国家级一流本科专业建设点，祖鲁语、阿姆哈拉语专业入选北京市一流本科专业建设点。
学院还设有非洲地区研究教研室和教育部备案的非洲研究中心，主办《非洲语言文化研究》（中英文）集刊，刊登国内外学者有关非洲语言、文学、历史、文化、社会等研究领域的最新成果。学院每年主办“非洲语言与文化研究国际研讨会”和“非洲热点问题青年学者论坛”，搭建与国内外学者开展经常性学术对话与交流的平台。学院与南非、尼日利亚、埃塞俄比亚、肯尼亚、坦桑尼亚、津巴布韦、塞内加尔等国20多所高校签订了合作备忘录，并与英国伦敦大学亚非学院、法国国立东方语言文化学院、荷兰莱顿大学等欧美高校建立了交流合作关系。
学院致力于培养复语型、复合型的非洲非通用语专门人才，培养层次涵盖本科、硕士、博士。本科生在学习非通用语的同时，可以辅修英语，参加全国英语专业四、八级考试；可以辅修外交、法学、新闻、金融、经济等双学位课程；三年级时有机会赴对象国学习一至两个学期。
学院设有“亚非语言文学”和“亚非地区研究”两个二级学科，招收非洲语言文学和非洲地区研究方向的硕士研究生，学制三年。学院现有博士生导师2人，分别招收“法语国家与地区研究”和“东方民族主义文学研究”方向的博士。
60多年来，学院在教材编写、辞书编纂、文学翻译、区域研究等方面取得了许多开创性的成果，涌现出一批教学名师和学术骨干。目前学院师资队伍年富力强，共有中国教师16人，其中教授2人、副教授3人，取得博士学位的教师7人；外籍教师8人，其中教授1人、副教授3人，取得博士学位的教师6人。学院另聘有客座教授、特设教席教授、副教授3人。
60多年来，学院为国家培养了一大批外语基本功扎实、知识面宽广、综合素质好的非通用语人才。他们活跃在国家部委、国有企业、中央媒体、高等院校等单位，为我国与非洲国家的友好交往发挥了重要作用。近年来，赴国内外一流高校深造的毕业生比例逐年提高。总体就业去向良好，学生满意度较高。