1961年9月，为加强同亚非国家的友好交往，根据周恩来总理指示，北京外国语大学成立亚非语系，先后开设斯瓦希里语和豪萨语专业，开展非洲本土语言的教学研究和人才培养工作。2007年4月，亚非语系更名为亚非学院，同年获批教育部和北京市高等学校特色专业建设点。
2019年9月，学校决定扩建亚非学院，成立了非洲学院，推进非洲非通用语种建设和区域与国别研究工作。非洲学院现获批开设20个非洲语种本科专业，是国内教授非洲语种最多的院系，其中18个语种为全国唯一学科点。此外还设有非洲地区研究教研室和非洲研究中心。学院与南非、尼日利亚、坦桑尼亚、埃塞俄比亚等国16所高校签订了合作备忘录，并与英国伦敦大学亚非学院、法国巴黎东方语言文化学院等欧美高校建立了交流合作关系。
学院致力于培养复语型、复合型的非洲非通用语专门人才，培养层次涵盖本科、硕士、博士。本科生在学习非通用语的同时，可以辅修英语，参加全国英语专业四、八级考试；可以辅修外交、法学、新闻、金融、经济等双学位课程；三年级时有机会赴对象国学习一至两个学期。
学院设有“亚非语言文学”和“亚非地区研究”两个二级学科，招收非洲语言文学和非洲地区研究方向的硕士研究生，学制三年。学院现有博士生导师2人，分别招收“法语国家与地区研究”和“东方民族主义文学研究”方向的博士。
60年来，学院在教材编写、辞书编纂、文学翻译、区域研究等方面取得了许多开创性的成果，涌现出一批教学名师和学术骨干。目前学院师资队伍年富力强，共有中国教师13人，其中教授2人、特设讲席教授1人，拥有博士学位的教师9人，长期外国专家4人。
60年来，学院为国家培养了一大批外语基本功扎实、知识面宽广、综合素质好的非通用语人才。他们活跃在国家部委、国有企业、中央媒体、高等院校等单位，为我国与非洲国家的友好交往发挥了重要作用。近年来，赴国内外一流高校深造的毕业生比例逐年提高。总体就业去向良好，学生满意度较高。